Prodi Farmasi di UNIDA Gontor memberikan pendidikan yang komprehensif di bidang farmasi, meliputi ilmu farmakologi, fitokimia, dan bioteknologi farmasi. Mahasiswa dipersiapkan untuk menjadi apoteker yang kompeten dalam menyediakan pelayanan kesehatan berbasis farmasi yang profesional. Lulusan program ini diharapkan mampu terjun dalam industri farmasi, pelayanan kesehatan, serta penelitian dalam pengembangan obat-obatan modern dan herbal.