Terletak di tengah hamparan tanah persawahan di sebuah desa di Ponorogo, Jawa Timur Indonesia, Universitas Darussalam Gontor, atau disingkat UNIDA Gontor, merupakan universitas yang unik dibanding universitas semacamnya di tanah air. Unik karena menerapkan sistim asrama (boarding system) yang didesain untuk pembelajaran yang efektif dan efisien. Di dalam sistim asrama, Bahasa Arab dan Inggris digunakan sebagai pengantar pengajaran dan komunikasi di antara dosen dan mahasiswa. Di dalam sistim asrama pula aktivitas keilmuan, kerohanian, dan kewirausahaan dapat dilaksanakan dengan mudah, sehingga akan tercipta komunitas dan dari komunitas terbentuk tradisi keilmuan.

Universitas Darussalam Gontor merupakan cita-cita tiga orang ulama pendiri Pondok Modern Darussalam Gontor, yaitu K.H. Ahmad Sahal, K.H. Zainuddin Fannani, dan K.H. Imam Zarkasyi (dikenal kemudian sebagai Trimurti). Dengan modal tanah warisan orang tua, ditambah dana secukupnya, mereka pada tahun 1926 dengan tekad yang kuat mulai membuka lembaga pendidikan rendah yang disebut Tarbiyatul Atfal yang kemudian pada tahun 1936 ditingkatkan menjadi pendidikan menengah yaitu Kulliyatul Muállimin al-Islamiyyah (KMI).

Meski KMI telah dirasa berkembang dengan pesat, namun usaha menuju universitas terus bergelora. Maka pada tahun 1942 usaha pertama yang dapat dilakukan adalah mendirikan pendidikan tinggi yang disebut Underbow dan Bovenbow sebagai lanjutan bagi para tamatan KMI. Namun karena situasi penjajahan program itu tidak dapat berlanjut.

Setelah kemerdekaan dan dirasa kegiatan pendidikan telah berjalan normal, para pendiri Pondok Modern Darussalam mencoba terus berusaha merealisir cita-cita mendirikan universitas. Maka pada tahun 1958, mereka bertekad bulat mewakafkan lembaga pendidikan yang mereka dirikan kepada umat Islam dan dengan demikian lembaga pendidikan ini bukan lagi milik para pendiri dan keluarganya. Di dalam Piagam Penyerahan Wakaf tersebut tertulis dengan jelas cita-cita Trimurti yaitu agar Pondok Modern Gontor yang diwakafkan dikembangkan menjadi universitas Islam yang berarti dan bermutu serta menjadi pusat pengkajian Islam dan Bahasa Arab.

Sebagai wakif, para pendiri Pondok Modern Darussalam masih terus berupaya merealisasikan cita-cita mereka. Untuk itu, pada tanggal 1 Rajab 1383/17 November 1963 dimulailah langkah menuju cita-cita itu yaitu mendirikan Instiitut Pendidikan Darussalam (IPD). Karena keterbatasan sumber daya maka IPD baru dapat membuka dua fakultas, Ushuluddin dan Tarbiyah. Dalam pidato peresmiannya, K.H. Imam Zarkasyi selaku pejabat Rektor, menyatakan bahwa institut ini harus menjadi seperti Universitas al-Azhar di Mesir yang selama berabad-abad terus berjalan sebagai pusat studi Islam di dunia dan tetap bertahan seiring dengan perubahan waktu. Beliau juga berharap agar Institut ini mengikuti jejak Aligarh Muslim University di India yang merupakan simbol kebangkitan Islam karena mengintegrasikan ilmu pengetahuan Islam dan sains. Selain itu, beliau juga berharap agar pengasuh dan dosen-dosennya berjiwa ikhlas seperti para ulama di Shanggit, Afrika. Dengan kekuatan itu semua, Perguruan Tinggi di Gontor diharapkan dapat meniru Shantiniketan di abad lalu yang mengajar dunia dari tempat terpencil yang damai.

Hingga tahun 1985, pada saat K.H. Imam Zarkasyi (pendiri terakhir) wafat, IPD masih belum dapat meningkat menjadi universitas meskipun terus menamatkan sarjana-sarjana dalam kedua bidang di atas. Pada tahun 1994, Institut menempuh langkah kecil dengan mendirikan Fakultas Syariáh dan dengan itu, IPD diberi nama baru yaitu Institut Studi Islam Darussalam (ISID). Dua tahun kemudian yaitu tahun 1996, ISID menempati kampus baru di Siman, Ponorogo. Dengan berdirinya kampus baru yang terpisah dari kampus KMI, maka ISID mulai berjalan intensif, mandiri, dan terpadu. Bahkan pada tahun 2010, ISID berhasil membuka Program Pascasarjana. Sementara Program Studi (Prodi) pada setiap fakultas terus ditambah dan dibenahi sehingga menjadi terakreditasi.

Pembangunan kampus baru di Siman juga telah membuka peluang yang lebih besar untuk merealisasikan amanat waqaf para pendiri Pondok Modern Gontor, yaitu mendirikan universitas. Maka, berdasarkan keputusan Badan Wakaf dan instruksi Pimpinan Pondok Modern Darussalam Gontor, pada tahun 2013, Panitia Pendirian Universitas Darussalam Gontor dibentuk. Dengan kerja keras, bantuan berbagai pihak, dan dukungan penuh Pimpinan Pondok Modern Gontor, Universitas Darussalam Gontor telah resmi berdiri dengan terbitnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 197/E/O/2014 tentang Izin Pendirian Universitas Darussalam Gontor tertanggal 4 Juli 2014. Kemudian, pada hari Sabtu, 18 September 2014, diadakan acara Peresmian Universitas Darussalam Gontor oleh Sekjend Liga Universitas Islam Dunia, Prof. Dr. Ja’far Abdussalam, di Gedung Pertemuan Pondok Modern Darussalam Gontor.