Saat ini, untuk program sarjana, UNIDA Gontor memiliki tujuh fakultas dan tujuh belas Program Studi (Prodi) yang telah terakreditasi oleh Pemerintah Republik Indonesia melalui Badan Akreditasi Nasional. Berikut nama-nama Prodi di UNIDA Gontor.

Fakultas Ushuluddin

  1. Perbandingan Agama
  2. Akidah dan Filsafat Islam
  3. Ilmu al-Quran dan Tafsir

Fakultas Tarbiyah

  1. Pendidikan Agama Islam
  2. Pendidikan Bahasa Arab

Fakultas Syariah

  1. Perbandingan Madzhab dan Hukum
  2. Hukum Ekonomi Islam

Fakultas Ekonomi dan Manajemen

  1. Ekonomi Islam
  2. Manajemen Bisnis

Fakultas Humaniora

  1. Hubungan Internasional
  2. Ilmu Komunikasi

Fakultas Ilmu Kesehatan

  1. Farmasi
  2. Ilmu Gizi
  3. Keselamatan dan Kesehatan Kerja

Fakultas Sains dan Teknologi

  1. Teknik Informatika
  2. Agroteknologi
  3. Teknologi Industri Pertanian