Saat ini, untuk program sarjana, UNIDA Gontor memiliki tujuh fakultas dan tujuh belas Program Studi (Prodi) yang telah terakreditasi oleh Pemerintah Republik Indonesia melalui Badan Akreditasi Nasional. Berikut nama-nama Prodi di UNIDA Gontor.
Fakultas Ushuluddin
- Perbandingan Agama
- Akidah dan Filsafat Islam
- Ilmu al-Quran dan Tafsir
Fakultas Tarbiyah
- Pendidikan Agama Islam
- Pendidikan Bahasa Arab
Fakultas Syariah
- Perbandingan Madzhab dan Hukum
- Hukum Ekonomi Islam
Fakultas Ekonomi dan Manajemen
- Ekonomi Islam
- Manajemen Bisnis
Fakultas Humaniora
- Hubungan Internasional
- Ilmu Komunikasi
Fakultas Ilmu Kesehatan
Fakultas Sains dan Teknologi
- Teknik Informatika
- Agroteknologi
- Teknologi Industri Pertanian