Sebagai salah satu bagian dari lembaga pendidikan agama yang disebut Pondok Pesantren, UNIDA Gontor menerapkan sistem asrama. Ini merupakan ciri khas sistem pendidikan pesantren dan oleh sebab itu pengasuh mahasiswa adalah kyai. Dalam hal ini pengasuh mahasiswa adalah Dr (HC). K.H. Abdullah Syukri Zarkasyi, M.A., K.H. Hasan Abdullah Sahal, K.H. Syamsul Hadi Abdan, dibantu oleh Rektor bidang akademik dan kemahasiswaan.

Sebagaimana sistem pesantren, kampus UNIDA Gontor memiliki tidak hanya tri pusat pendidikan tapi catur pusat pendidikan yang terdiri dari masjid sebagai pusat kegiatan, kyai sebagai figur sentralnya, asrama sebagai penjelmaan masyarakat dan keluarga, kegiatan akademik sebagai pendidikan formalnya. Dengan keempat pusat pendidikan ini, dosen dan mahasiswa dapat hidup bersama di bawah nilai-nilai keislaman seperti keikhlasan, kesederhanaan, kemandirian, ukhuwah Islamiyah, dan kebebasan. Semua nilai keislaman ini dan lainnya mengendalikan seluruh kegiatan sehari-hari di kampus yang bersistem asrama ini.

Sistem ini didesain secara khusus agar menjadi lingkungan pendidikan di mana mahasiswa dapat berinteraksi dengan dosen guna menimba pengalaman dan pemikiran mereka secara langsung. Selain itu, di dalam sistem asrama mahasiswa memiliki Dewan Mahasiswa untuk mengurusi aktivitas mereka sendiri, demi mengembangkan potensi spiritual, intelektual, fisik, termasuk menerapkan peraturan serta disiplin yang mereka susun sendiri dengan bimbingan Biro Administrasi Penunjang Akademik. Di kampus berasrama ini dengan segala sarananya, mahasiswa dapat dengan bebas beraktivitas dalam berbagai bidang sesuai dengan minat dan bakat mereka masing-masing di bawah bimbingan dosen wali.

Karena kegiatan akademik dan non akademik diintegrasikan dalam satu sistem, maka penilaian prestasi akademik dan non akademik mahasiswa digabungkan, sehingga keseluruhan potensi dan prestasi mahasiswa dalam segala bidang selama mereka belajar di UNIDA Gontor dapat diketahui. Ini juga untuk mengembangkan potensi intelektual, spiritual, dan fisik mahasiswa secara seimbang.