Untuk menciptakan jaringan kerjasama antar universitas, UNIDA Gontor telah menandatangani MoU dengan berbagai universitas dalam negeri. Adapun universitas dalam negeri yang telah menandatangani MoU dengan UNIDA Gontor adalah sebagai berikut:
- Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, 12 Januari 2011.
- Universitas Islam Indonesia, Yogyakarta, 20 Mei 2006.
- Universitas Islam Negeri Makasar, 2006.
- Universitas Brawijaya, Malang, September 2006.
- Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, 1 Maret 2009.