Untuk menciptakan jaringan kerjasama antar universitas, UNIDA Gontor telah menandatangani MoU dengan berbagai universitas dalam negeri. Adapun universitas dalam negeri yang telah menandatangani MoU dengan UNIDA Gontor adalah sebagai berikut:

  1. Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, 12 Januari 2011.
  2. Universitas Islam Indonesia, Yogyakarta, 20 Mei 2006.
  3. Universitas Islam Negeri Makasar, 2006.
  4. Universitas Brawijaya, Malang, September 2006.
  5. Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta, 1 Maret 2009.